Die Hauptdomain kann nicht in ein anderes Verzeichnis „verschoben“ werden. Das Umleiten auf ein Unterverzeichnis würde dann z.B. in der URL Leiste so aussehen „ihredomain.tld/unterverzeichnis“ das ist keine saubere Lösung.
Es gibt aber die Möglichkeit die Hauptdomain vom Account in eine Fiktive Domain zu ändern wie z.B. „ihredomain.noexist“ dann können Sie Ihre eigentliche Domain als Addon Domain im cPanel Account hinzufügen und das Verzeichnis bzw. Root-Verzeichnis der Domain selbst bestimmen.
Wird eine Domain aus einem Account entfernt werden alle Mail-Konten, Weiterleitungen, etc.. entfernt. Stellen Sie sicher, das falls solche angelegt sind diese im Vorfeld zu sichern und nach Durchführung wieder anzulegen.